Kantor Kementerian Agama Kabupaten Banyumas mempunyai tugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah Kabupaten Banyumas berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama provinsi Jawa Tengah dan ketentuan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana di atas, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Banyumas menyelenggarakan fungsi:

1. perumusan dan penetapan visi, misi, dan kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di kabupaten Banyumas;
2. pelayanan, bimbingan dan pembinaan di bidang haji dan umrah;
3. pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama dan keagamaan;
4. pembinaan kerukunan umat beragama;
5. pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pengelolaan administrasi dan informasi;
6. pengkoordinasian perencanaan, pengendalian, pengawasan, dan evaluasi program; dan
7. pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait, dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas kementerian di kabupaten Banyumas

(Berdasarkan PMA No. 13 Tahun 2012)